Transcriptome des fibroblastes pulmonaires dans la fibrose pulmonaire idiopathique (FPI) : méta-analyse

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• 作者：L. Plantier¹ ; ^{laurent.plantier@univ-tours.fr} ; H. Renaud² ; S. Marchand-Adam¹
• 刊名：Revue des Maladies Respiratoires
• 出版年：2017
• 出版时间：January 2017
• 年：2017
• 卷：34
• 期：supp_S
• 页码：A129
• 全文大小：50 K
• 卷排序：34

文摘

L’acquisition par les fibroblastes pulmonaires d’un phénotype myofibroblastique sécrétant héritable représente une étape-clé de la fibrose pulmonaire idiopathique (FPI), dont les déterminants génétiques, épigénétiques, transcriptionnels, post-transcriptionnels ou micro-environnementaux restent mal compris. L’hypothèse testée par cette étude est que la différenciation de ces cellules est due à l’activation de programmes transcriptionnels spécifiques. L’acquisition par les fibroblastes pulmonaires d’un phénotype myofibroblastique sécrétant héritable représente une étape-clé de la FPI, dont les déterminants génétiques, épigénétiques, transcriptionnels, post-transcriptionnels ou micro-environnementaux restent mal compris. L’hypothèse testée par cette étude est que la différenciation de ces cellules est due à l’activation de programmes transcriptionnels spécifiques.MéthodesLes données issues de 4 études comparant, à l’aide de puces à ADN, le transcriptome des fibroblastes cultivés à partir de poumon atteint de FPI à ceux cultivés de poumon sain ont été transformées en z-scores et compilées dans une table unique pour une méta-analyse. L’identification des transcrits sur- ou sous-exprimés a reposé sur l’algorithme SAM. La caractérisation des listes de transcrits a utilisé les outils DAVID (bases GO et KEGG) et TOPPFUN (bases Targetscan et MSigDB), et HCE3.5. Le seuil de significativité retenu était un risque de fausse découverte de 5 % après correction de Benjamini-Hochberg.RésultatsQuatre études rassemblant n = 20 cultures de fibroblastes témoins et n = 20 cultures de fibroblastes de FPI, rassemblant 17 414 transcrits, ont été compilées. Cent quinze transcrits étaient surexprimés dans les fibroblastes de FPI, dont des gènes impliqués dans la fibrogenèse tels que CTGF. Aucune catégorie fonctionnelle n’était enrichie parmi les transcrits surexprimés. Cent treize gènes étaient sous-exprimés, en rapport avec la répression de programmes associés à la défense antivirale induite par les interférons (p = 6 × 10–18), la signalisation TNF (p = 3 × 10–4), et l’apoptose (p = 1,5 × 10–3). Le clustering non supervisé ne distinguait pas les fibroblastes de FPI des fibroblastes témoins.ConclusionLe transcriptome des fibroblastes de FPI cultivés in vitro indique la répression de programmes de réponse immune et l’absence d’activation de programmes de réparation tissulaire. Ces données suggèrent que l’activation des fibroblastes pulmonaires au cours de la FPI ne relève pas au premier chef de mécanismes transcriptionnels.