应用Illumina MiSeq高通量测序研究枯草芽孢杆菌对3周龄海兰褐蛋鸡盲肠微生物区系的影响
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摘要
枯草芽孢杆菌作为一种有公认益生效果的益生菌,可改善家禽肠道微生物区系。但受技术手段所限,虽然先前的许多研究以若干目标菌群评估肠道微生物变化,但都缺乏对微生物区系的整体性和不同分类水平层次上的研究。本试验旨在通过Illumina MiSeq高通量测序研究枯草芽孢杆菌对3周龄海兰褐蛋鸡盲肠微生物在不同分类水平上的整体性变化。试验选取1日龄海兰褐蛋鸡360只,随机分为4个处理组,1)对照组,饲喂基础日粮;2)抗生素组,基础日粮中添加20 mg/kg杆菌肽锌和4 mg/kg硫酸黏杆菌素;3)枯草芽孢杆菌组,基础日粮中添加500mg/kg枯草芽孢杆菌制剂;4)枯草芽孢杆菌+抗生素组,基础日粮中添加500mg/kg枯草芽孢杆菌制剂、20 mg/kg杆菌肽锌和4 mg/kg硫酸黏杆菌素。每组5个重复,每个重复18只鸡,试验期21天。于试鸡第21日龄每重复选取1只接近平均体重的试鸡屠宰,在无菌条件下采集左侧盲肠末端内容物,提取其细菌DNA进行16SrDNA序列V4区Illumina MiSeq高通量测序。结果显示:在门水平上,与对照组相比,其他各处理的拟杆菌门的丰度呈极显著的降低(P<0.01),厚壁菌门的丰度则极显著升高(P<0.01),枯草芽孢杆菌组的柔膜菌门较对照组显著升高(P<0.05);在纲水平上,与对照组相比,其余各处理的拟杆菌纲的丰度(P<0.01)极显著的降低,梭菌纲的丰度则呈现极显著的提高(P<0.01),此外,枯草芽孢杆菌组与对照组相比可显著提高芽孢杆菌纲和柔膜菌纲的丰度(P<0.05);在科水平上,拟杆菌科、理研菌科、Barnesiellaceae和Dehalobacteriaceae的丰度在其他各处理相比对照组均呈现极显著的降低(P<0.01),枯草芽孢杆菌组和枯草芽孢杆菌+抗生素组显著降低了Odoribacteraceae和Cryomorphaceae的丰度(P<0.05);从芽孢杆菌科来看,枯草芽孢杆菌组与对照组相比可显著提高该科的丰度(P<0.05),但抗生素组及枯草芽孢杆菌+抗生素组对该科的丰度并没有显著影响(P>0.05)。另外,Christensenellaceae丰度在枯草芽孢杆菌组和枯草芽孢杆菌+抗生素组较抗生素组呈显著降低(P<0.05)。结果表明:日粮添加枯草芽孢杆菌和抗生素以及两者同时添加均能显著改变21日龄蛋鸡盲肠微生物区系。添加枯草芽孢杆菌可极显著降低拟杆菌门中拟杆菌科、理研菌科和Barnesiellaceae等科菌群的相对丰度,同时增加梭菌属、芽孢杆菌科及RF39目的相对丰度。
引文