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1.Boolean network identification from perturbation time series data combining dynamics abstraction and logic programming

作者：M. Ostrowski^a ; ¹ ; L. Paulev&eacute ; ^c ; ¹ ; T. Schaub^a ; ^b ; A. Siegel^d ; C. Guziolowski^e ; ^{Carito.Guziolowski@irccyn.ec-nantes.fr}

关键词：Model identification ; Time series data ; Multiplex phosphoproteomics data ; Boolean networks ; Answer Set Programming

刊名：Biosystems

出版年：2016

2.Learning Boolean logic models of signaling networks with ASP

作者：Santiago Videla^a ; ^b ; ^c ; ^{santiago.videla@irisa.fr" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Carito Guziolowski^d ; ^{carito.guziolowski@irccyn.ec-nantes.fr" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Federica Eduati^e ; ^{federica_eduati@hotmail.com" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Sven Thiele^a ; ^b ; ^{sven.thiele@irisa.fr" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Martin Gebser^c ; ^{gebser@cs-uni.potsdam.de" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Jacques Nicolas^a ; ^b ; ^{jacques.nicolas@irisa.fr" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Julio Saez-Rodriguez^e ; ^{saezrodriguez@ebi.ac.uk" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Torsten Schaub^c ; ^{torsten@cs-uni.potsdam.de" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Anne Siegel^a ; ^b ; ^{anne.siegel@irisa.fr" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

关键词：Answer set programming ; Signaling transduction networks ; Boolean logic models ; Combinatorial multi-objective optimization ; Systems biology

刊名：Theoretical Computer Science

出版年：2015

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