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1.Multiresolution molecular mechanics: Implementation and efficiency

作者：Emre Biyikli ; Albert C. To ; ^{albertto@pitt.edu" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

关键词：Multiscale ; Molecular dynamics ; Atomistic/continuum ; Implementation ; Efficiency ; Algorithm

刊名：Journal of Computational Physics

出版年：2017

2.Bile salt induced solubilization of methylene blue: Study on methylene blue fluorescence properties and molecular mechanics calculation

作者：Susithra Selvam^a ; ^{susithra.selvam@yahoo.com} ; Ivy Sarkar^b

关键词：Methylene blue ; Sodium deoxycholate ; Sodium cholate ; Absorption ; Fluorescence spectroscopyMolecular mechanics

刊名：Journal of Pharmaceutical Analysis

出版年：2017

3.A QM-CAMD approach to solvent design for optimal reaction rates

作者：Heiko Struebing ; Stephan Obermeier ; Eirini Siougkrou ; Claire S. Adjiman ; Amparo Galindo ; ^{a.galindo@imperial.ac.uk}

关键词：Quantum mechanics ; Computer-aided molecular design ; Surrogate model ; Phase equilibrium ; Kinetics ; Group contribution

刊名：Chemical Engineering Science

出版年：2017

4.Effect of the electronic state of Ti on M-doped TiO₂ nanoparticles (M=Zn, Ga or Ge) with high photocatalytic activities: A experimental and DFT molecular study

作者：M. Salazar-Villanueva^a ; A. Cruz-Ló ; pez^b ; A.A. Zaldí ; var-Cadena^b ; A. Tovar-Corona^c ; M.L. Guevara-Romero^d ; O. Vazquez-Cuchillo^e ; ^{odilon_vazquez_c@hotmail.com}

关键词：X-ray photoelectron spectroscopy ; 2 ; 4-Dichlorophenoxyacetic acid ; Doping (Ga ; Ge ; Zn) ; TiO2 ; Density Functional Theory ; Quantum mechanics

刊名：Materials Science in Semiconductor Processing

出版年：2017

5.Electronic and structural properties of Cob(I)alamin: Ramifications for B₁₂-dependent processes

作者：Manoj Kumar^a ; ^b ; Pawel M. Kozlowski^a ; ^c ; ^{pawel@louisville.edu}

关键词：CNCbl ; cyanocobalamin ; AdoCbl ; adenosylcobalamin ; MeCbl ; methylcobalamin ; CoIIICbl ; cob(III)alamin ; CoIICbl ; cob(II)alamin ; CoICbl ; cob(I)alamin ; MetH ; methionine synthase ; CoFeSP ; corrinoid/Fe-S protein ; MtaBC ; methanol-cobalamin methyltransferase ; Im ; imidazole ; DFT ; density functional theory ; QM/MM ; quantum mechanics/molecular mechanics ; CASSCF ; complete active space self-consistent field ; CASPT2 ; complete active space perturbation theory ; ONIOM ; our own n-layered integrated molecular orbital

刊名：Coordination Chemistry Reviews

出版年：2017

6.Topology and parameter data of thirteen non-natural amino acids for molecular simulations with CHARMM22

作者：Olujide O. Olubiyi^a ; ¹ ; ^{olubiyioo@abuad.edu.ng} ; Birgit Strodel^a ; ^b

关键词：CHARMM ; Force field parameterization ; Quantum mechanics ; Molecular dynamics ; Potential energy surface ; Geometry optimization

刊名：Data in Brief

出版年：2016

7.Molecular and crystal structure of praziquantel. Spectroscopic properties and crystal polymorphism

作者：Ana Borrego-Sá ; nchez^a ; ^b ; Cé ; sar Viseras^b ; Carola Aguzzi^b ; C. Ignacio Sainz-Dí ; az^a ; ^{ignacio.sainz@iact.ugr-csic.es" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

关键词：Praziquantel ; DFT calculations ; IR spectroscopy ; Schistosomiasis ; Molecular modeling

刊名：European Journal of Pharmaceutical Sciences

出版年：2016

8.Molecular dynamics simulations of plasticity and cracking in lithiated silicon electrodes

作者：Haoran Wang ; Huck Beng Chew ; ^{hbchew@illinois.edu" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

关键词：Silicon electrode ; Plasticity ; Failure ; Molecular dynamics ; Interatomic potential

刊名：Extreme Mechanics Letters

出版年：2016

9.Interaction of cinnamic acid derivatives with β-cyclodextrin in water: Experimental and molecular modeling studies

作者：Benguo Liu^a ; ^b ; Jie Zeng^a ; Chen Chen^b ; Yonglan Liu^b ; Hanjun Ma^a ; Haizhen Mo^a ; Guizhao Liang^b ; ^{gzliang@cqu.edu.cn" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

关键词：β-Cyclodextrin (β-CD) ; Cinnamic acid derivatives (CAs) ; Inclusion complex ; ONIOM (our Own N-layer Integrated Orbital molecular Mechanics) calculations

刊名：Food Chemistry

出版年：2016

10.Three-dimensional QSAR analysis and design of new 1,2,4-oxadiazole antibacterials

作者：Erika Leemans^&dagger ; ; Kiran V. Mahasenan^&dagger ; ; Malika Kumarasiri ; Edward Spink ; Derong Ding ; Peter I. O&rsquo ; Daniel ; Marc A. Boudreau ; Elena Lastochkin ; Sebastian A. Testero ; Takao Yamaguchi ; Mijoon Lee ; Dusan Hesek ; Jed F. Fisher ; Mayland Chang ; Shahriar Mobashery ; ^{mobashery@nd.edu" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

关键词：CoMFA ; comparative molecular field analysis ; CoMSIA ; comparative molecular shape indices analysis ; GH ; Gasteiger&ndash ; Hü ; ckel ; LOO ; leave-one-out method ; MIC ; minimum inhibitory concentration ; MM ; molecular mechanics ; MMFF94 ; Merck Molecular Force Field 94 ; PLS ; partial least squares ; QM ; quantum mechanical ; SEE ; standard error of estimate

刊名：Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters

出版年：2016

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