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1.Solving Poisson’s equation using FFT in a GPU cluster

作者：Jose L. Jodra^a ; ^{joseluis.jodra@ehu.eus}Author Vitae ; Ibai Gurrutxaga^b ; ^{i.gurrutxaga@ehu.eus}Author Vitae ; Javier Muguerza^b ; ^{j.muguerza@ehu.eus}Author Vitae ; Ainhoa Yera^b ; ^{ainhoa.yera@ehu.eus}Author Vitae

关键词：GPU ; Poisson&rsquo ; s equation ; MPI ; FFT ; CUDA

刊名：Journal of Parallel and Distributed Computing

出版年：2017

2.Structural basis of transport function in major facilitator superfamily protein from Trichoderma harzianum

作者：Nitika Chaudhary^a ; Padmani Sandhu^b ; Mushtaq Ahmed^a ; ^{mushtaq.cuhp@gmail.com} ; ^{mushtaq@cuhimachal.ac.in} ; Yusuf Akhter^b ; ^{yusuf@daad-alumni.de} ; ^{yusuf@cuhimachal.ac.in}

关键词：MFS ; major facilitator superfamily ; DPPC ; 1 ; 2-dipalmitoyl-sn-glycero-3-phosphocholine ; RMSD ; root mean square deviation ; RMSF ; root mean square fluctuation ; APBS ; adaptive poisson-Boltzmann solver ; CBP ; cytoplasmic binding pocket ; EBP ; extracellular binding pocket ; TCDB ; transporter classification database ; HMM ; hidden markov model ; PHYRE2 ; protein homology/analogy recognition engine ; HHblits ; homology detection by iterative HMM-HMM comparison ; R3 ; residue-rotamer-reduction

刊名：International Journal of Biological Macromolecules

出版年：2017

3.In silico characterization of TTHA0596: A potential Zn^{2 +} binding protein of ATP-binding cassette transporter

作者：Suraj Kumar Mandal ; Monika Chandravanshi ; Prerana Gogoi ; Shankar Prasad Kanaujia ; ^{spkanaujia@iitg.ernet.in} ; ^{spkanaujia@gmail.com}

关键词：APBS ; adaptive Poisson Boltzmann solver ; ATP ; ATP-binding cassette ; Fe ; iron ; HP ; hypothetical protein ; Mn ; manganese ; MSA ; multiple sequence alignment ; NBD ; nucleotide binding domain ; ORF ; open reading frame ; PMBP ; periplasmic metal binding protein ; RMSD ; root mean square deviation ; SBP ; substrate binding protein ; TMD ; transmembrane domain ; Zn ; zinc

刊名：Gene Reports

出版年：2017

4.Efficiency optimization of a fast Poisson solver in beam dynamics simulation

作者：Dawei Zheng ; ^{dawei.zheng@uni-rostock.de" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Gisela Pö ; plau¹ ; Ursula van Rienen

关键词：Optimization ; Poisson solver ; Green&rsquo ; s function ; Space charge ; Beam dynamics

刊名：Computer Physics Communications

出版年：2016

5.Segregated Runge-Kutta time integration of convection-stabilized mixed finite element schemes for wall-unresolved LES of incompressible flows

作者：Oriol Colomé ; s^a ; ^b ; ^{ocolomes@cimne.upc.edu} ; Santiago Badia^a ; ^c ; ^{sbadia@cimne.upc.edu}

关键词：Large eddy simulation ; Turbulence ; Variational multiscale ; Wall models ; Runge&ndash ; Kutta

刊名：Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering

出版年：2017

6.A new Particle-in-Cell method for modeling magnetized fluids

作者：Fabio Bacchini ; ^{fabio.bacchini@wis.kuleuven.be} ; Vyacheslav Olshevsky ^{vyacheslav.olshevsky@wis.kuleuven.be} ; Stefaan Poedts ^{stefaan.poedts@wis.kuleuven.be} ; Giovanni Lapenta ^{giovanni.lapenta@wis.kuleuven.be}

关键词：MHD ; PiC methods ; Ringing instability ; Vector potential ; Moving mesh

刊名：Computer Physics Communications

出版年：2017

7.Efficient three-dimensional Poisson solvers in open rectangular conducting pipe

作者：Ji Qiang ^{jqiang@lbl.gov" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

关键词：Poisson equation ; Spectral method ; Green function

刊名：Computer Physics Communications

出版年：2016

8.A nonlocal modified Poisson-Boltzmann equation and finite element solver for computing electrostatics of biomolecules

作者：Dexuan Xie ; ^{dxie@uwm.edu" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Yi Jiang

关键词：Nonlocal dielectric model ; Poisson&ndash ; Boltzmann equation ; Finite element method ; Newton method ; Electrostatics

刊名：Journal of Computational Physics

出版年：2016

9.ColDICE: A parallel Vlasov-Poisson solver using moving adaptive simplicial tessellation

作者：Thierry Sousbie^a ; ^b ; ^c ; ^{tsousbie@gmail.com" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Sté ; phane Colombi^a ; ^d ; ^{colombi@iap.fr" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

关键词：Vlasov&ndash ; Poisson ; Tessellation ; Simplicial mesh ; Refinement ; Dark matter ; Cosmology

刊名：Journal of Computational Physics

出版年：2016

10.Poisson-Boltzmann model for protein-surface electrostatic interactions and grid-convergence study using the PyGBe code

作者：Christopher D. Cooper^a ; ^b ; ^{christopher.cooper@usm.cl" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Lorena A. Barba^c ; ^{labarba@gwu.edu" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

关键词：Biomolecular electrostatics ; Protein surface interaction ; Implicit solvent ; Poisson&ndash ; Boltzmann ; Boundary element method ; Treecode ; Python ; CUDA

刊名：Computer Physics Communications

出版年：2016

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