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1. Resolving the problem of trapped water in binding cavities: prediction of host–guest binding free energies in the SAMPL5 challenge by funnel metadynamics

作者： Soumendranath Bhakat ; Pär Söderhjelm

关键词：SAMPL5 ; Host–guest complex ; Metadynamics ; Binding free energy ; MD simulation

刊名：Journal of Computer-Aided Molecular Design

出版年：2017

2. Metadynamics combined with auxiliary density functional and density functional tight-binding methods: alanine dipeptide as a case study

作者： Jerome Cuny ; Kseniia Korchagina ; Chemseddine Menakbi…

关键词：Metadynamics ; Auxiliary density functional theory ; Tight ; binding density functional theory ; Free energy surface ; Alanine dipeptide

刊名：Journal of Molecular Modeling

出版年：2017

3. Hydrogen bonds in quinoline N-oxide derivatives: first-principle molecular dynamics and metadynamics ground state study

作者： Jarosław J. Panek ; Kacper Błaziak ; Aneta Jezierska

关键词：Quinoline N ; oxide derivatives ; Intramolecular hydrogen bond ; CPMD ; DFT ; D2 ; Metadynamics

刊名：Structural Chemistry

出版年：2016

4. Self-healing umbrella sampling: convergence and efficiency

作者： Gersende Fort ; Benjamin Jourdain ; Tony Lelièvre ; Gabriel Stoltz

关键词：Wang–Landau algorithm ; Stochastic approximation algorithm ; Free energy biasing techniques

刊名：Statistics and Computing

出版年：2017

5. Intermediate states in the binding process of folic acid to folate receptor α: insights by molecular dynamics and metadynamics

作者： Stefano Della-Longa ; Alessandro Arcovito

关键词：Bioinformatics ; Folate ; targeted cancer therapies ; Folate metabolism ; Metadynamics ; Ligand binding dynamics

刊名：Journal of Computer-Aided Molecular Design

出版年：2015

6. Chemical potential calculations in dense liquids using metadynamics

作者： C. Perego ; F. Giberti ; M. Parrinello

刊名：The European Physical Journal - Special Topics

出版年：2016

7. Avoiding traps in trajectory space: Metadynamics enhanced transition path sampling

作者： E.E. Borrero ; C. Dellago

刊名：The European Physical Journal - Special Topics

出版年：2016

8. Reaction dynamics of \(\hbox {CO}_2\) in aqueous amines from ab initio molecu

作者： Changru Ma ; Fabio Pietrucci ; Wanda Andreoni

关键词：CO\(_2\) ; capture ; Reaction dynamics ; Amine solutions ; Metadynamics ; Car–Parrinello molecular dynamics

刊名：Theoretical Chemistry Accounts: Theory, Computation, and Modeling (Theoretica Chimica Acta)

出版年：2016

9. Attractor Metadynamics in Adapting Neural Networks

作者：Claudius Gros (21)
Mathias Linkerhand (21)
Valentin Walther (21)

关键词：adiabatic attractors ; attractor metadynamics ; neural networks ; adaption ; homeostasis

刊名：Lecture Notes in Computer Science

出版年：2014

10. Prediction of SAMPL4 host–guest binding affinities using funnel metadynamics

作者：Ya-Wen Hsiao (1)
P?r S?derhjelm (2)

关键词：Funnel metadynamics ; Binding affinity ; CGENFF ; GAFF ; NAMD

刊名：Journal of Computer-Aided Molecular Design

出版年：2014

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