作者：Dmitri D. Pervouchine ; Sarah Djebali ; Alessandra Breschi ; Carrie A. Davis ; Pablo Prieto Barja ; Alex Dobin ; Andrea Tanzer ; Julien Lagarde ; Chris Zaleski ; Lei-Hoon See ; Meagan Fastuca ; Jorg Drenkow ; Huaien Wang ; Giovanni Bussotti ; Baikang Pei ; Suganthi Balasubramanian ; Jean Monlong ; Arif Harmanci ; Mark Gerstein ; Michael A. Beer ; Cedric Notredame ; Roderic Guigó ; Thomas R. Gingeras

关键词：Biological sciences ; Evolution ; Genetics

刊名：Nature Communications

出版年：2015

作者：Mark B. Gerstein ; Joel Rozowsky ; Koon-Kiu Yan ; Daifeng Wang ; Chao Cheng ; James B. Brown ; Carrie A. Davis ; LaDeana Hillier ; Cristina Sisu ; Jingyi Jessica Li ; Baikang Pei ; Arif O. Harmanci ; Michael O. Duff ; Sarah Djebali ; Roger P. Alexander ; Burak H. Alver ; Raymond Auerbach ; Kimberly Bell ; Peter J. Bickel ; Max E. Boeck ; Nathan P. Boley ; Benjamin W. Booth ; Lucy Cherbas ; Peter Cherbas ; Chao Di ; Alex Dobin ; Jorg Drenkow ; Brent Ewing ; Gang Fang ; Megan Fastuca ; Elise A. Feingold ; Adam Frankish ; Guanjun Gao ; Peter J. Good ; Roderic Guigó ; Ann Hammonds ; Jen Harrow ; Roger A. Hoskins ; Cé ; dric Howald ; Long Hu ; Haiyan Huang ; Tim J. P. Hubbard ; Chau Huynh ; Sonali Jha ; Dionna Kasper ; Masaomi Kato ; Thomas C. Kaufman ; Robert R. Kitchen ; Erik Ladewig ; Julien Lagarde ; Eric Lai ; Jing Leng ; Zhi Lu ; Michael MacCoss ; Gemma May ; Rebecca McWhirter ; Gennifer Merrihew ; David M. Miller ; Ali Mortazavi ; Rabi Murad ; Brian Oliver ; Sara Olson ; Peter J. Park ; Michael J. Pazin ; Norbert Perrimon ; Dmitri Pervouchine ; Valerie Reinke ; Alexandre Reymond ; Garrett Robinson ; Anastasia Samsonova ; Gary I. Saunders ; Felix Schlesinger ; Anurag Sethi ; Frank J. Slack ; William C. Spencer ; Marcus H. Stoiber ; Pnina Strasbourger ; Andrea Tanzer ; Owen A. Thompson ; Kenneth H. Wan ; Guilin Wang ; Huaien Wang ; Kathie L. Watkins ; Jiayu Wen ; Kejia Wen ; Chenghai Xue ; Li Yang ; Kevin Yip ; Chris Zaleski ; Yan Zhang ; Henry Zheng ; Steven E. Brenner ; Brenton R. Graveley ; Susan E. Celniker ; Thomas R. Gingeras ; Robert Waterston

关键词：Comparative genomics ; Transcriptomics

刊名：Nature

出版年：2014

作者：Feng Yue ; Yong Cheng ; Alessandra Breschi ; Jeff Vierstra ; Weisheng Wu ; Tyrone Ryba ; Richard Sandstrom ; Zhihai Ma ; Carrie Davis ; Benjamin D. Pope ; Yin Shen ; Dmitri D. Pervouchine ; Sarah Djebali ; Robert E. Thurman ; Rajinder Kaul ; Eric Rynes ; Anthony Kirilusha ; Georgi K. Marinov ; Brian A. Williams ; Diane Trout ; Henry Amrhein ; Katherine Fisher-Aylor ; Igor Antoshechkin ; Gilberto DeSalvo ; Lei-Hoon See ; Meagan Fastuca ; Jorg Drenkow ; Chris Zaleski ; Alex Dobin ; Pablo Prieto ; Julien Lagarde ; Giovanni Bussotti ; Andrea Tanzer ; Olgert Denas ; Kanwei Li ; M. A. Bender ; Miaohua Zhang ; Rachel Byron ; Mark T. Groudine ; David McCleary ; Long Pham ; Zhen Ye ; Samantha Kuan ; Lee Edsall ; Yi-Chieh Wu ; Matthew D. Rasmussen ; Mukul S. Bansal ; Manolis Kellis ; Cheryl A. Keller ; Christapher S. Morrissey ; Tejaswini Mishra ; Deepti Jain ; Nergiz Dogan ; Robert S. Harris ; Philip Cayting ; Trupti Kawli ; Alan P. Boyle ; Ghia Euskirchen ; Anshul Kundaje ; Shin Lin ; Yiing Lin ; Camden Jansen ; Venkat S. Malladi ; Melissa S. Cline ; Drew T. Erickson ; Vanessa M. Kirkup ; Katrina Learned ; Cricket A. Sloan ; Kate R. Rosenbloom ; Beatriz Lacerda de Sousa ; Kathryn Beal ; Miguel Pignatelli ; Paul Flicek ; Jin Lian ; Tamer Kahveci ; Dongwon Lee ; W. James Kent ; Miguel Ramalho Santos ; Javier Herrero ; Cedric Notredame ; Audra Johnson ; Shinny Vong ; Kristen Lee ; Daniel Bates ; Fidencio Neri ; Morgan Diegel ; Theresa Canfield ; Peter J. Sabo ; Matthew S. Wilken ; Thomas A. Reh ; Erika Giste ; Anthony Shafer ; Tanya Kutyavin ; Eric Haugen ; Douglas Dunn ; Alex P. Reynolds ; Shane Neph ; Richard Humbert ; R. Scott Hansen ; Marella De Bruijn ; Licia Selleri ; Alexander Rudensky ; Steven Josefowicz ; Robert Samstein ; Evan E. Eichler ; Stuart H. Orkin ; Dana Levasseur ; Thalia Papayannopoulou ; Kai-Hsin Chang ; Arthur Skoultchi ; Srikanta Gosh ; Christine Disteche ; Piper Treuting ; Yanli Wang ; Mitchell J. Weiss ; Gerd A. Blobel ; Xiaoyi Cao ; Sheng Zhong ; Ting Wang ; Peter J. Good ; Rebecca F. Lowdon ; Leslie B. Adams ; Xiao-Qiao Zhou ; Michael J. Pazin ; Elise A. Feingold ; Barbara Wold ; James Taylor ; Ali Mortazavi ; Sherman M. Weissman ; John A. Stamatoyannopoulos ; Michael P. Snyder ; Roderic Guigo ; Thomas R. Gingeras ; David M. Gilbert ; Ross C. Hardison ; Michael A. Beer ; Bing Ren ; The Mouse ENCODE Consortium

关键词：Epigenomics

刊名：Nature

出版年：2014

作者：Sarah Djebali ; Carrie A. Davis ; Angelika Merkel ; Alex Dobin ; Timo Lassmann ; Ali Mortazavi ; Andrea Tanzer ; Julien Lagarde ; Wei Lin ; Felix Schlesinger ; Chenghai Xue ; Georgi K. Marinov ; Jainab Khatun ; Brian A. Williams ; Chris Zaleski ; Joel Rozowsky ; Maik Rö ; der ; Felix Kokocinski ; Rehab F. Abdelhamid ; Tyler Alioto ; Igor Antoshechkin ; Michael T. Baer ; Nadav S. Bar ; Philippe Batut ; Kimberly Bell ; Ian Bell ; Sudipto Chakrabortty ; Xian Chen ; Jacqueline Chrast ; Joao Curado ; Thomas Derrien ; Jorg Drenkow ; Erica Dumais ; Jacqueline Dumais ; Radha Duttagupta ; Emilie Falconnet ; Meagan Fastuca ; Kata Fejes-Toth ; Pedro Ferreira ; Sylvain Foissac ; Melissa J. Fullwood ; Hui Gao ; David Gonzalez ; Assaf Gordon ; Harsha Gunawardena ; Cedric Howald ; Sonali Jha ; Rory Johnson ; Philipp Kapranov ; Brandon King ; Colin Kingswood ; Oscar J. Luo ; Eddie Park ; Kimberly Persaud ; Jonathan B. Preall ; Paolo Ribeca ; Brian Risk ; Daniel Robyr ; Michael Sammeth ; Lorian Schaffer ; Lei-Hoon See ; Atif Shahab ; Jorgen Skancke ; Ana Maria Suzuki ; Hazuki Takahashi ; Hagen Tilgner ; Diane Trout ; Nathalie Walters ; Huaien Wang ; John Wrobel ; Yanbao Yu ; Xiaoan Ruan ; Yoshihide Hayashizaki ; Jennifer Harrow ; Mark Gerstein ; Tim Hubbard ; Alexandre Reymond ; Stylianos E. Antonarakis ; Gregory Hannon ; Morgan C. Giddings ; Yijun Ruan ; Barbara Wold ; Piero Carninci ; Roderic Guigó ; Thomas R. Gingeras

关键词：Genetics ; Genomics ; Molecular biology

刊名：Nature

出版年：2012

作者：Brenton R. Graveley ; Angela N. Brooks ; Joseph W. Carlson ; Michael O. Duff ; Jane M. Landolin ; Li Yang ; Carlo G. Artieri ; Marijke J. van Baren ; Nathan Boley ; Benjamin W. Booth ; James B. Brown ; Lucy Cherbas ; Carrie A. Davis ; Alex Dobin ; Renhua Li ; Wei Lin ; John H. Malone ; Nicolas R. Mattiuzzo ; David Miller ; David Sturgill ; Brian B. Tuch ; Chris Zaleski ; Dayu Zhang ; Marco Blanchette ; Sandrine Dudoit ; Brian Eads ; Richard E. Green ; Ann Hammonds ; Lichun Jiang ; Phil Kapranov ; Laura Langton ; Norbert Perrimon ; Jeremy E. Sandler ; Kenneth H. Wan ; Aarron Willingham ; Yu Zhang ; Yi Zou ; Justen Andrews ; Peter J. Bickel ; Steven E. Brenner ; Michael R. Brent ; Peter Cherbas ; Thomas R. Gingeras ; Roger A. Hoskins ; Thomas C. Kaufman ; Brian Oliver ; Susan E. Celniker

关键词：Genetics and genomics ; Developmental biology ; Molecular biology

刊名：Nature

出版年：2011