作者：Lisa Brenan¹ ; ⁵ ; Aleksandr Andreev¹ ; ⁵ ; ⁶ ; Ofir Cohen¹ ; ² ; Sasha Pantel¹ ; Atanas Kamburov¹ ; ³ ; Davide Cacchiarelli¹ ; ⁴ ; Nicole S. Persky¹ ; Cong Zhu¹ ; Mukta Bagul¹ ; Eva M. Goetz¹ ; ² ; Alex B. Burgin¹ ; Levi A. Garraway¹ ; ² ; Gad Getz¹ ; ³ ; Tarjei S. Mikkelsen¹ ; ⁷ ; Federica Piccioni¹ ; David E. Root¹ ; Cory M. Johannessen¹ ; ⁸ ; ^{johannes@broadinstitute.org" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

关键词：cancer ; rare mutants ; functional biology ; ERK ; MAPK ; precision medicine ; precision oncology

刊名：Cell Reports

出版年：2016

作者：Lili Wang¹ ; ¹¹ ; ¹⁵ ; Angela N. Brooks¹ ; ² ; ³ ; ¹⁵ ; Jean Fan⁴ ; ¹⁵ ; Youzhong Wan¹ ; ¹³ ; ¹⁵ ; Rutendo Gambe¹ ; Shuqiang Li⁷ ; Sarah Hergert¹ ; Shanye Yin¹² ; Samuel S. Freeman² ; Joshua Z. Levin² ; Lin Fan² ; Michael Seiler¹⁴ ; Silvia Buonamici¹⁴ ; Peter G. Smith¹⁴ ; Kevin F. Chau¹¹ ; Carrie L. Cibulskis² ; Wandi Zhang¹ ; Laura Z. Rassenti⁶ ; Emanuela M. Ghia⁶ ; Thomas J. Kipps⁶ ; Stacey Fernandes¹ ; Donald B. Bloch¹⁰ ; Dylan Kotliar¹¹ ; Dan A. Landau¹ ; ¹¹ ; Sachet A. Shukla¹ ; Jon C. Aster⁸ ; Robin Reed¹² ; David S. DeLuca² ; Jennifer R. Brown¹ ; ⁹ ; Donna Neuberg⁵ ; Gad Getz² ; Kenneth J. Livak⁷ ; Matthew M. Meyerson¹ ; Peter V. Kharchenko⁴ ; Catherine J. Wu¹ ; ² ; ⁹ ; ¹¹ ; ¹⁶ ; ^{cwu@partners.org" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

关键词：CLL ; SF3B1 ; Notch signaling ; RNA sequencing ; alternative splicing

刊名：Cancer Cell

出版年：2016

作者：Michele Ceccarelli¹ ; ² ; ²⁴ ; Floris P. Barthel³ ; ⁴ ; ²⁴ ; Tathiane M. Malta⁵ ; ⁶ ; ²⁴ ; Thais S. Sabedot⁵ ; ⁶ ; ²⁴ ; Sofie R. Salama⁷ ; Bradley A. Murray⁸ ; Olena Morozova⁷ ; Yulia Newton⁷ ; Amie Radenbaugh⁷ ; Stefano M. Pagnotta² ; ⁹ ; Samreen Anjum¹ ; Jiguang Wang¹⁰ ; Ganiraju Manyam³ ; Pietro Zoppoli¹⁰ ; Shiyun Ling³ ; Arjun A. Rao⁷ ; Mia Grifford⁷ ; Andrew D. Cherniack⁸ ; Hailei Zhang⁸ ; Laila Poisson¹¹ ; Carlos Gilberto Carlotti Jr.⁵ ; ⁶ ; Daniela Pretti da Cunha Tirapelli⁵ ; ⁶ ; Arvind Rao³ ; Tom Mikkelsen¹¹ ; Ching C. Lau¹² ; ¹³ ; W.K. Alfred Yung³ ; Raul Rabadan¹⁰ ; Jason Huse¹⁴ ; Daniel J. Brat¹⁵ ; Norman L. Lehman¹⁶ ; Jill S. Barnholtz-Sloan¹⁷ ; Siyuan Zheng³ ; Kenneth Hess³ ; Ganesh Rao³ ; Matthew Meyerson⁸ ; ¹⁸ ; Rameen Beroukhim⁸ ; ¹⁸ ; ¹⁹ ; Lee Cooper¹⁵ ; Rehan Akbani³ ; Margaret Wrensch²⁰ ; David Haussler⁷ ; Kenneth D. Aldape²¹ ; Peter W. Laird²² ; David H. Gutmann²³ ; TCGA Research Network ; Samreen Anjum ; Harindra Arachchi ; J. Todd Auman ; Miruna Balasundaram ; Saianand Balu ; Gene Barnett ; Stephen Baylin ; Sue Bell ; Christopher Benz ; Natalie Bir ; Keith L. Black ; Tom Bodenheimer ; Lori Boice ; Moiz S. Bootwalla ; Jay Bowen ; Christopher A. Bristow ; Yaron S.N. Butterfield ; Qing-Rong Chen ; Lynda Chin ; Juok Cho ; Eric Chuah ; Sudha Chudamani ; Simon G. Coetzee ; Mark L. Cohen ; Howard Colman ; Marta Couce ; Fulvio D&rsquo ; Angelo ; Tanja Davidsen ; Amy Davis ; John A. Demchok ; Karen Devine ; Li Ding ; Rebecca Duell ; J. Bradley Elder ; Jennifer M. Eschbacher ; Ashley Fehrenbach ; Martin Ferguson ; Scott Frazer ; Gregory Fuller ; Jordonna Fulop ; Stacey B. Gabriel ; Luciano Garofano ; Julie M. Gastier-Foster ; Nils Gehlenborg ; Mark Gerken ; Gad Getz ; Caterina Giannini ; William J. Gibson ; Angela Hadjipanayis ; D. Neil Hayes ; David I. Heiman ; Beth Hermes ; Joe Hilty ; Katherine A. Hoadley ; Alan P. Hoyle ; Mei Huang ; Stuart R. Jefferys ; Corbin D. Jones ; Steven J.M. Jones ; Zhenlin Ju ; Alison Kastl ; Ady Kendler ; Jaegil Kim ; Raju Kucherlapati ; Phillip H. Lai ; Michael S. Lawrence ; Semin Lee ; Kristen M. Leraas ; Tara M. Lichtenberg ; Pei Lin ; Yuexin Liu ; Jia Liu ; Julia Y. Ljubimova ; Yiling Lu ; Yussanne Ma ; Dennis T. Maglinte ; Harshad S. Mahadeshwar ; Marco A. Marra ; Mary McGraw ; Christopher McPherson ; Shaowu Meng ; Piotr A. Mieczkowski ; C. Ryan Miller ; Gordon B. Mills ; Richard A. Moore ; Lisle E. Mose ; Andrew J. Mungall ; Rashi Naresh ; Theresa Naska ; Luciano Neder ; Michael S. Noble ; Ardene Noss ; Brian Patrick O&rsquo ; Neill ; Quinn T. Ostrom ; Cheryl Palmer ; Angeliki Pantazi ; Michael Parfenov ; Peter J. Park ; Joel S. Parker ; Charles M. Perou ; Christopher R. Pierson ; Todd Pihl ; Alexei Protopopov ; Amie Radenbaugh ; Nilsa C. Ramirez ; W. Kimryn Rathmell ; Xiaojia Ren ; Jeffrey Roach ; A. Gordon Robertson ; Gordon Saksena ; Jacqueline E. Schein ; Steven E. Schumacher ; Jonathan Seidman ; Kelly Senecal ; Sahil Seth ; Hui Shen ; Yan Shi ; Juliann Shih ; Kristen Shimmel ; Hugues Sicotte ; Suzanne Sifri ; Tiago Silva ; Janae V. Simons ; Rosy Singh ; Tara Skelly ; Andrew E. Sloan ; Heidi J. Sofia ; Matthew G. Soloway ; Xingzhi Song ; Carrie Sougnez ; Camila Souza ; Susan M. Staugaitis ; Huandong Sun ; Charlie Sun ; Donghui Tan ; Jiabin Tang ; Yufang Tang ; Leigh Thorne ; Felipe Amstalden Trevisan ; Timothy Triche ; David J. Van Den Berg ; Umadevi Veluvolu ; Doug Voet ; Yunhu Wan ; Zhining Wang ; Ronald Warnick ; John N. Weinstein ; Daniel J. Weisenberger ; Matthew D. Wilkerson ; Felicia Williams ; Lisa Wise ; Yingli Wolinsky ; Junyuan Wu ; Andrew W. Xu ; Lixing Yang ; Liming Yang ; Travis I. Zack ; Jean C. Zenklusen ; Jianhua Zhang ; Wei Zhang ; Jiashan Zhang ; Erik Zmuda

刊名：Cell

出版年：2016

作者：Marios Giannakis¹ ; ² ; ³ ; ¹⁶ ; Xinmeng Jasmine Mu¹ ; ² ; ³ ; ¹⁶ ; Sachet A. Shukla¹ ; ³ ; ¹⁶ ; Zhi Rong Qian¹ ; Ofir Cohen¹ ; ³ ; Reiko Nishihara¹ ; ⁴ ; ⁵ ; ⁶ ; Samira Bahl³ ; Yin Cao⁵ ; ⁷ ; ⁸ ; Ali Amin-Mansour¹ ; ³ ; Mai Yamauchi¹ ; Yasutaka Sukawa⁹ ; Chip Stewart³ ; Mara Rosenberg³ ; Kosuke Mima¹ ; Kentaro Inamura¹ ; Katsuhiko Nosho¹⁰ ; Jonathan A. Nowak¹¹ ; Michael S. Lawrence³ ; Edward L. Giovannucci⁴ ; ⁵ ; ¹² ; Andrew T. Chan⁷ ; ⁸ ; ¹² ; Kimmie Ng¹ ; ² ; Jeffrey A. Meyerhardt¹ ; ² ; Eliezer M. Van Allen¹ ; ² ; ³ ; Gad Getz³ ; ¹³ ; Stacey B. Gabriel³ ; Eric S. Lander³ ; ¹⁴ ; ¹⁵ ; Catherine J. Wu¹ ; ² ; ³ ; ¹⁷ ; Charles S. Fuchs¹ ; ² ; ¹² ; ¹⁷ ; Shuji Ogino¹ ; ⁴ ; ¹¹ ; ¹⁷ ; ^{shuji_ogino@dfci.harvard.edu" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Levi A. Garraway¹ ; ² ; ³ ; ¹⁷ ; ^{levi_garraway@dfci.harvard.edu" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

刊名：Cell Reports

出版年：2016

作者：Nicholas J. Haradhvala¹ ; ² ; ⁸ ; Paz Polak¹ ; ² ; ³ ; ⁸ ; Petar Stojanov⁴ ; Kyle R. Covington⁵ ; Eve Shinbrot⁵ ; Julian M. Hess² ; Esther Rheinbay¹ ; ² ; Jaegil Kim² ; Yosef E. Maruvka¹ ; ² ; Lior Z. Braunstein² ; Atanas Kamburov¹ ; ² ; ³ ; Philip C. Hanawalt⁶ ; David A. Wheeler⁵ ; Amnon Koren² ; ⁷ ; Michael S. Lawrence² ; ⁹ ; ^{lawrence@broadinstitute.org" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Gad Getz¹ ; ² ; ³ ; ⁹ ; ^{gadgetz@broadinstitute.org" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

刊名：Cell

出版年：2016

作者：Fengju Chen¹ ; ²⁹ ; Yiqun Zhang¹ ; ²⁹ ; Yasin Şenbabaoğlu² ; Giovanni Ciriello³ ; Lixing Yang⁴ ; Ed Reznik² ; Brian Shuch⁵ ; Goran Micevic⁶ ; ⁷ ; Guillermo De Velasco⁸ ; Eve Shinbrot⁹ ; Michael S. Noble¹⁰ ; Yiling Lu¹¹ ; Kyle R. Covington⁹ ; Liu Xi⁹ ; Jennifer A. Drummond⁹ ; Donna Muzny⁹ ; Hyojin Kang¹² ; Junehawk Lee¹² ; ¹³ ; Pheroze Tamboli¹⁴ ; Victor Reuter¹⁵ ; Carl Simon Shelley¹⁶ ; Benny A. Kaipparettu¹ ; ¹⁷ ; Donald P. Bottaro¹⁸ ; Andrew K. Godwin¹⁹ ; Richard A. Gibbs⁹ ; ¹⁷ ; Gad Getz¹⁰ ; ²⁰ ; Raju Kucherlapati²¹ ; ²² ; Peter J. Park⁴ ; Chris Sander² ; Elizabeth P. Henske¹⁰ ; ²² ; Jane H. Zhou²³ ; David J. Kwiatkowski¹⁰ ; ²² ; Thai H. Ho²⁴ ; Toni K. Choueiri⁸ ; James J. Hsieh²⁵ ; Rehan Akbani²⁶ ; Gordon B. Mills¹¹ ; A. Ari Hakimi²⁷ ; David A. Wheeler⁹ ; ¹⁷ ; Chad J. Creighton¹ ; ⁹ ; ²⁶ ; ²⁸ ; ^{creighto@bcm.edu" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

刊名：Cell Reports

出版年：2016

作者：Alice H. Berger¹ ; ² ; ³ ; ¹⁰ ; Angela N. Brooks¹ ; ² ; ³ ; ¹⁰ ; ¹¹ ; Xiaoyun Wu² ; ¹⁰ ; Yashaswi Shrestha² ; Candace Chouinard² ; Federica Piccioni⁴ ; Mukta Bagul⁴ ; Atanas Kamburov² ; ³ ; ⁵ ; Marcin Imielinski¹ ; ² ; ³ ; Larson Hogstrom² ; Cong Zhu⁴ ; Xiaoping Yang⁴ ; Sasha Pantel⁴ ; Ryo Sakai⁶ ; Jacqueline Watson¹ ; ² ; Nathan Kaplan¹ ; Joshua D. Campbell¹ ; ² ; ³ ; Shantanu Singh⁷ ; David E. Root⁴ ; Rajiv Narayan² ; Ted Natoli² ; David L. Lahr² ; Itay Tirosh⁸ ; Pablo Tamayo² ; Gad Getz² ; ³ ; ⁵ ; Bang Wong² ; John Doench⁴ ; Aravind Subramanian² ; Todd R. Golub¹ ; ² ; ⁹ ; Matthew Meyerson¹ ; ² ; ³ ; ^{matthew_meyerson@dfci.harvard.edu" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Jesse S. Boehm² ; ^{boehm@broadinstitute.org" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

刊名：Cancer Cell

出版年：2016

作者：Siyuan Zheng¹ ; Andrew D. Cherniack² ; ³ ; Ninad Dewal⁴ ; Richard A. Moffitt⁵ ; Ludmila Danilova⁶ ; Bradley A. Murray² ; ³ ; ³⁵ ; Antonio M. Lerario⁷ ; ⁸ ; ⁹ ; Tobias Else⁸ ; ⁹ ; Theo A. Knijnenburg¹⁰ ; Giovanni Ciriello¹¹ ; ¹² ; Seungchan Kim¹³ ; Guillaume Assie¹⁴ ; ¹⁵ ; ¹⁶ ; ¹⁷ ; Olena Morozova¹⁸ ; Rehan Akbani¹ ; Juliann Shih² ; ³ ; Katherine A. Hoadley⁵ ; Toni K. Choueiri³ ; ¹⁹ ; Jens Waldmann¹⁷ ; ²⁰ ; Ozgur Mete²¹ ; A. Gordon Robertson²² ; Hsin-Ta Wu²³ ; Benjamin J. Raphael²³ ; Lina Shao⁸ ; Matthew Meyerson² ; ³ ; ²⁴ ; Michael J. Demeure¹³ ; ³⁶ ; Felix Beuschlein¹⁷ ; ²⁵ ; Anthony J. Gill²⁶ ; ²⁷ ; Stan B. Sidhu²⁶ ; ²⁸ ; Madson Q. Almeida⁷ ; ²⁹ ; Maria C.B.V. Fragoso⁷ ; ²⁹ ; Leslie M. Cope⁶ ; Electron Kebebew³⁰ ; Mouhammed A. Habra¹ ; Timothy G. Whitsett¹³ ; Kimberly J. Bussey¹³ ; ³¹ ; William E. Rainey⁸ ; ⁹ ; Sylvia L. Asa²¹ ; Jé ; rô ; me Bertherat¹⁴ ; ¹⁵ ; ¹⁶ ; ¹⁷ ; Martin Fassnacht¹⁷ ; ³² ; ³³ ; David A. Wheeler⁴ ; The Cancer Genome Atlas Research Network ; Siyuan Zheng ; Roel G.W. Verhaak ; Thomas J. Giordano ; Gary D. Hammer ; Andrew D. Cherniack ; Ninad Dewal ; Richard A. Moffitt ; Ludmila Danilova ; Bradley A. Murray ; Antonio M. Lerario ; Tobias Else ; Theo A. Knijnenburg ; Giovanni Ciriello ; Seungchan Kim ; Guillaume Assié ; Olena Morozova ; Rehan Akbani ; Juliann Shih ; Katherine A. Hoadley ; Toni K. Choueiri ; Jens Waldmann ; Ozgur Mete ; A. Gordon Robertson ; Hsin-Tu Wu ; Benjamin J. Raphael ; Matthew Meyerson ; Michael J. Demeure ; Felix Beuschlein ; Anthony J. Gill ; Stan B. Sidhu ; Madson Almeida ; Maria Candida Barisson Fragoso ; Leslie M. Cope ; Electron Kebebew ; Mouhammed Amir Habra ; Timothy G. Whitsett ; Kimberly J. Bussey ; William E. Rainey ; Sylvia L. Asa ; Jé ; rô ; me Bertherat ; Martin Fassnacht ; David A. Wheeler ; Christopher Benz ; Adrian Ally ; Miruna Balasundaram ; Reanne Bowlby ; Denise Brooks ; Yaron S.N. Butterfield ; Rebecca Carlsen ; Noreen Dhalla ; Ranabir Guin ; Robert A. Holt ; Steven J.M. Jones ; Katayoon Kasaian ; Darlene Lee ; Haiyan I. Li ; Lynette Lim ; Yussanne Ma ; Marco A. Marra ; Michael Mayo ; Richard A. Moore ; Andrew J. Mungall ; Karen Mungall ; Sara Sadeghi ; Jacqueline E. Schein ; Payal Sipahimalani ; Angela Tam ; Nina Thiessen ; Peter J. Park ; Matthias Kroiss ; Jianjiong Gao ; Chris Sander ; Nikolaus Schultz ; Corbin D. Jones ; Raju Kucherlapati ; Piotr A. Mieczkowski ; Joel S. Parker ; Charles M. Perou ; Donghui Tan ; Umadevi Veluvolu ; Matthew D. Wilkerson ; D. Neil Hayes ; Marc Ladanyi ; Marcus Quinkler ; J. Todd Auman ; Ana Claudia Latronico ; Berenice B. Mendonca ; Mathilde Sibony ; Zack Sanborn ; Michelle Bellair ; Christian Buhay ; Kyle Covington ; Mahmoud Dahdouli ; Huyen Dinh ; Harsha Doddapaneni ; Brittany Downs ; Jennifer Drummond ; Richard Gibbs ; Walker Hale ; Yi Han ; Alicia Hawes ; Jianhong Hu ; Nipun Kakkar ; Divya Kalra ; Ziad Khan ; Christine Kovar ; Sandy Lee ; Lora Lewis ; Margaret Morgan ; Donna Morton ; Donna Muzny ; Jireh Santibanez ; Liu Xi ; Bertrand Dousset ; Lionel Groussin ; Rossella Libé ; Lynda Chin ; Sheila Reynolds ; Ilya Shmulevich ; Sudha Chudamani ; Jia Liu ; Laxmi Lolla ; Ye Wu ; Jen Jen Yeh ; Saianand Balu ; Tom Bodenheimer ; Alan P. Hoyle ; Stuart R. Jefferys ; Shaowu Meng ; Lisle E. Mose ; Yan Shi ; Janae V. Simons ; Matthew G. Soloway ; Junyuan Wu ; Wei Zhang ; Kenna R. Mills Shaw ; John A. Demchok ; Ina Felau ; Margi Sheth ; Roy Tarnuzzer ; Zhining Wang ; Liming Yang ; Jean C. Zenklusen ; Jiashan (Julia) Zhang ; Tanja Davidsen ; Catherine Crawford ; Carolyn M. Hutter ; Heidi J. Sofia ; Jeffrey Roach ; Wiam Bshara ; Carmelo Gaudioso ; Carl Morrison ; Patsy Soon ; Shelley Alonso ; Julien Baboud ; Todd Pihl ; Rohini Raman ; Qiang Sun ; Yunhu Wan ; Rashi Naresh ; Harindra Arachchi ; Rameen Beroukhim ; Scott L. Carter ; Juok Cho ; Scott Frazer ; Stacey B. Gabriel ; Gad Getz ; David I. Heiman ; Jaegil Kim ; Michael S. Lawrence ; Pei Lin ; Michael S. Noble ; Gordon Saksena ; Steven E. Schumacher ; Carrie Sougnez ; Doug Voet ; Hailei Zhang ; Jay Bowen ; Sara Coppens ; Julie M. Gastier-Foster ; Mark Gerken ; Carmen Helsel ; Kristen M. Leraas ; Tara M. Lichtenberg ; Nilsa C. Ramirez ; Lisa Wise ; Erik Zmuda ; Stephen Baylin ; James G. Herman ; Janine LoBello ; Aprill Watanabe ; David Haussler ; Amie Radenbaugh ; Arjun Rao ; Jingchun Zhu ; Detlef K. Bartsch ; Silviu Sbiera ; Bruno Allolio ; Timo Deutschbein ; Cristina Ronchi ; Victoria M. Raymond ; Michelle Vinco ; Lina Shao ; Linda Amble ; Moiz S. Bootwalla ; Phillip H. Lai ; David J. Van Den Berg ; Daniel J. Weisenberger ; Bruce Robinson ; Zhenlin Ju ; Hoon Kim ; Shiyun Ling ; Wenbin Liu ; Yiling Lu ; Gordon B. Mills ; Kanishka Sircar ; Qianghu Wang ; Kosuke Yoshihara ; Peter W. Laird ; Yu Fan ; Wenyi Wang ; Eve Shinbrot ; Martin Reincke ; John N. Weinstein ; Sam Meier ; Timothy Defreitas

刊名：Cancer Cell

出版年：2016

作者：Marios Giannakis ; Xinmeng Jasmine Mu ; Sachet A. Shukla ; Zhi Rong Qian ; Ofir Cohen ; Reiko Nishihara ; Samira Bahl ; Yin Cao ; Ali Amin-Mansour ; Mai Yamauchi ; Yasutaka Sukawa ; Chip Stewart ; Mara Rosenberg ; Kosuke Mima ; Kentaro Inamura ; Katsuhiko Nosho ; Jonathan A. Nowak ; Michael S. Lawrence ; Edward L. Giovannucci ; Andrew T. Chan ; Kimmie Ng ; Jeffrey A. Meyerhardt ; Eliezer M. Van Allen ; Gad Getz ; Stacey B. Gabriel ; Eric S. Lander ; Catherine J. Wu ; Charles S. Fuchs ; Shuji Ogino ; ^{shuji_ogino@dfci.harvard.edu" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Levi A. Garraway ; ^{levi_garraway@dfci.harvard.edu" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

刊名：Cell Reports

出版年：2016

作者：Sita Kugel¹ ; ⁷ ; Jessica L. Feldman⁴ ; ⁷ ; Mark A. Klein⁴ ; Dafne M. Silberman⁶ ; Carlos Sebastiá ; n¹ ; Craig Mermel¹ ; ³ ; Stephanie Dobersch⁵ ; Abbe R. Clark¹ ; Gad Getz¹ ; ³ ; John M. Denu⁴ ; ^{jmdenu@wisc.edu" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Raul Mostoslavsky¹ ; ² ; ³ ; ^{rmostoslavsky@mgh.harvard.edu" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

刊名：Cell Reports

出版年：2015